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3代试管对胚胎进行筛选后会存在胚胎异常的情况。第三代试管婴儿技术，称胚胎植入前遗传学检测，是在移植前对体外受精的胚胎进行特定染色体或基因的检测筛选，以达到提高妊娠率、降低自然流产率、优生优育的目的。三代试管只能排除大部分染色体异常，但仍会有少部分染色体异常无法被目前的PGS技术筛查出来，所以，即使是通过了染色体筛查的胚胎，也可能会存在异常的情况。

做3代试管是会存在胚胎异常的，胚胎质量是影响试管婴儿成功率和胎停风险的重要因素之一，即使是经过严格筛选的优质胚胎，也有可能在植入过程中无法继续发育或早期停止发育。这可能与受精卵本身的基因问题、染色体异常等因素相关。

1、染色体异常

染色体异常是导致三代试管婴儿胚胎异常的主要原因之一。这些异常可能包括数目异常(多数目或少数目)、结构异常(缺失、重排或倒位)等。染色体异常会干扰受精卵正常发育并增加流产风险。

2、受精卵本身的基因问题

基因突变是导致胚胎异常的另一个重要原因。基因突变可能导致某些遗传疾病的发生，如囊性纤维化、血友病等。这些突变可以来自于双亲携带的遗传缺陷。

3代试管存在胚胎异常的原因有以上几个，所以，做三代试管婴儿即使是通过了染色体筛查的胚胎，也不能掉以轻心，一定要在孕前、孕期做好相关检查，这是很有必要的。