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原发性少精子症患者的治疗应针对纠正不良生活方式，避免暴露于职业或环境毒素。如果患者精子浓度偏低（如介于每毫升100万～1000万之间）且血清FSH未升高，使用抗雌激素性药物他莫昔芬（每天20mg）治疗可以对抗外源性雌激素的不良影响。该治疗通常可以使血液中睾酮水平倍增，使精子浓度在3-6个月内增加2~3倍。尽管在他莫昔芬治疗前认为必须采用IVF治疗的患者，在给予治疗的6个月内有1/3的可以获得自然受孕，另外的夫妇可以经IUI治疗而受孕。氧化损伤是特发性精液质量异常发病机制中的关键环节，同时在其他疾病中下也起到重要作用，如精索静脉曲张、以及免疫性不育，因此有必要使用抗氧化剂进行治疗。文献显示合理的选择并联合使用特定的抗氧化剂能够降低DNA的氧化水平，恢复细胞膜的流动性，提高顶体和精子与卵子膜融合的能力。一项双盲实验显示虾青素，提取自雨生红球藻的一个类胡萝卜素，能够显著地提高精子质量、受精潜能和女方受孕的几率。相比之下，卡尼汀（左旋卡尼汀或乙酰化左旋卡尼汀）和氧化还原酶辅酶Q10可以增加精子活力和运动速度。联合使用富含a亚麻酸（18:3w3）的亚麻籽油（linseed oil )、维生素B和锌可增加精子细胞膜磷脂中二十二碳六烯酸（DHA , cervonic acid ,22:6w3）的水平，这可以提高其细胞膜的流动性和融合能力。最后，从地中海松树皮中提取的前花青素具有强力的抗氧化抗炎症作用。
如果抑制失败或出现新的囊肿则在第二个周期中将剂量加倍至每日2片。如果囊肿透声好且直径小于或血孕酮浓度低于，则不需暂缓周期或进行抑制。基础的雌孕激素水平如果条件许可，建议监测血中雌孕激素水平。参考血雌激素水平可以显示是否可以开始使用克罗米芬进行治疗。孕酮水平可以反映卵巢囊肿是活动性的，还是非活动性的，并且不干扰卵泡发育。如果雌激素低于45~60pg/ ml则克罗米芬是不起作用的。这可能会出现于抑制后，有时在患者身上出现。在卵泡期，雌激素以每天50％的速率增长，每2天翻一倍。在确定患者对克罗米芬无反应之前，应该在习惯性起始日期测量雌激素的水平以判定是否起始时间过早。其他内分泌检测促甲状腺激素的水平≥4.5mIU/ ml诊断为亚临床甲状腺功能减退。实际上可能导致月经失调。治疗使用左甲状腺片。妊娠后应重新检测，妊娠期TSH水平比较好＜空腹胰岛素＞20μU / ml及空腹的血糖和胰岛素比值表明可能有胰岛素抵抗一种在的妇女中比较常见的内分泌。由于在不同的种族间存在较大的变异有些种族中这一比值于，因此认为口服75g葡萄糖后2小时的血糖／胰岛素更可靠。2小时胰岛素100~150μU / ml表明可能存在可以，超过表明严的二甲双胍适用于胰岛素持续高水平单用克罗米芬无效的无排卵妇女。
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