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色霉素是另外的一种玻片染色技术，可用于检测精子染色质浓集异常。CMA3是与富含GC序列特异性结合的荧光染料，被认为同鱼精蛋白竞争性结合DNA，因而染色的程度与成熟精子中鱼精蛋白的水平相关。总的来说，最常用的评价精子染色质结构的技术为SCSA、AO和TB实验，后两者容易开展，但与前者相比，劳动量大且在观察者间和观察者内部存在变异。精子DNA碎片的直接评估方法这类检测方法中最常用的为原位缺口平移分析末端转脱氧核苷酰酶介导的dUTP缺口标记分析( TUNEL）和单细胞凝胶电泳分析（COMET )，其基本原理。缺口平是使用荧光显微镜检测的一种相对简单的技术，反应体系中加入一定量的生物素标记的单链DNA片段，在DNA聚合酶I的催化下与模板链结合。TUNEL分析采用末端转脱氧核苷酰酶催化的反应，可定量检测双链DNA断裂情况。TUNEL结果可以使用明视场显微镜、荧光显微镜和流式细胞仪分析。一些报告已经显示人精子DNA断裂碎片的增加可对辅助生殖技术的成功率造成负面影响。这些检测方法均为特异性检测。
