从设备和技术角度来看，在深圳和广州都有一些有名气的医疗机构提供第三代试管服务。两地都拥有先进的医疗设备和技术团队，能够保障手术的安全性和成功率。
就医生经验和专业水准而言，广州拥有众多资深的试管婴儿专家，他们在这一领域拥有丰富的临床经验和成功案例。而深圳也有不少优秀的医生，在国内外学习过相关专业知识并参与过大量实践操作。
患者可以考虑就诊环境及服务质量。一些患者可能更看重医院环境是否舒适、服务态度是否亲切等方面。在这个层面上，深圳和广州都有不少高品质的医疗机构能够提供周到细致的服务。
还需要考虑交通便捷程度以及费用预算。如果患者比较注重就医过程中的便利性以及经济实惠程度，可以根据自身情况选择就近或费用相对较低的地方进行治疗。