试管肝功能异常的原因包括遗传因素、药物作用、酗酒、病毒感染等。遗传因素是导致肝功能异常的重要原因之一，如遗传性肝病和代谢性疾病。药物作用也是常见的原因，一些药物在代谢过程中会产生有害物质，损伤肝脏功能。此外长期酗酒会导致脂肪肝、肝硬化等疾病，严重影响肝功能。另外各种病毒感染如乙型肝炎、丙型肝炎等也可能引发试管婴儿的肝功能异常。
遗传因素
遗传性肝病如Wilson氏病、α-1抗胰蛋白酶缺乏等可以导致试管婴儿出生时即患有肝功能异常。这些基因突变会影响到体内各种酶的合成与代谢过程，从而影响到正常的血液净化和解毒功能。
药物作用
某些药物在体内代谢时会释放出对肝脏有害的代谢产物，长期或大剂量使用这些药物可能导致试管婴儿发生药物性肝损伤。例如抗生素、延缓癌药物、镇静剂等都可能对肝脏造成不同程度的损害。
酒精滥用
长期大量饮酒会导致脂肪在肝细胞内沉积形成脂肪性改变，进而发展为脂肪性肝炎、纤维化和最终的硬化。此外高浓度乙醛对线粒体内氧化还原反应也有直接抑止作用，在一定程度上干扰了线粒体内能量介绍途径。
