在面临卵巢巧克力囊肿治疗与第三代试管婴儿助孕的双重需求时，选择合适的医疗机构显得尤为重要。第三代试管婴儿技术，也称为胚胎植入前遗传学诊断（PGD），能够在胚胎移植前对染色体异常进行检测，从而提高试管婴儿的成功率。然而，对于患有卵巢巧克力囊肿的患者来说，选择一个既能有效治疗囊肿，又能提供高质量试管婴儿服务的医疗机构，需要综合考虑以下几个因素：

首先，医疗机构的资质和口碑是首要考虑的因素。选择一家具有丰富临床经验和良好口碑的医疗机构，可以确保患者在治疗过程中的安全和舒适。第三代试管婴儿技术对设备和技术要求较高，因此，应优先考虑那些拥有先进设备和专业团队的医疗机构。

其次，治疗卵巢巧克力囊肿的方法。卵巢巧克力囊肿是一种与月经周期相关的疾病，治疗时需要综合考虑囊肿的大小、患者的年龄、生育需求等因素。一些医疗机构可能更擅长药物治疗，而另一些则可能更擅长手术治疗。患者应根据自身情况，选择那些在治疗卵巢巧克力囊肿方面有丰富经验的专业机构。

再者，试管婴儿技术的成熟度。第三代试管婴儿技术虽然先进，但并非所有医疗机构都能熟练掌握。在选择医疗机构时，应了解该机构在试管婴儿技术方面的成功率、胚胎培养技术、实验室条件等，以确保胚胎质量。

此外，医疗机构的地理位置和服务态度也是不可忽视的因素。地理位置接近可以减少患者出行不便，而良好的服务态度则能让患者在治疗过程中感受到关怀和尊重。

以下是一些具体的选择建议：

1. 了解医疗机构的专业背景：调查该机构在生殖医学领域的专业背景，包括医生团队的专业水平、医院的技术设备、成功案例等。

2. 咨询医生意见：与医生进行充分沟通，了解医生对卵巢巧克力囊肿和试管婴儿技术的看法，以及他们为患者量身定制的治疗方案。

3. 关注患者评价：通过网络、论坛等渠道了解其他患者的评价和反馈，了解他们在治疗过程中的体验。

4. 实地考察：如果条件允许，可以实地考察医疗机构的环境、设备、服务等方面，亲身感受医院的专业性和人性化。

5. 考虑经济因素：虽然价格不是唯一考虑因素，但合理的费用也是患者选择医疗机构时需要考虑的。在保证治疗效果的前提下，选择性价比高的医疗机构。

总之，选择一家合适的医疗机构进行卵巢巧克力囊肿治疗和第三代试管婴儿助孕，需要患者从多个角度进行全面考量。通过充分了解和比较，患者可以找到最适合自己需求的医疗机构，为自己的生育之路增添一份保障。