亲子鉴定虽然是一项科学、可靠的技术，但并非万能，它也存在一定的局限性。了解这些局限，能让人们对亲子鉴定结果有更客观、理性的认识。
首先，亲子鉴定只能确定生物学上的亲子关系，无法判定情感或法律意义上的亲子关系。例如，一对夫妻通过合法收养手续养育孩子多年，在情感和法律层面他们是孩子的父母，但从生物学角度，亲子鉴定会显示不存在血缘关系。这种情况下，亲子鉴定结果并不能否定他们之间已经建立的深厚情感和法律认可的亲子关系。
其次，检测技术和样本质量会影响亲子鉴定的准确性。尽管现代 DNA 测序技术准确率极高，但如果样本受到污染、降解，或者在采集、保存、运输过程中操作不当，都可能导致检测结果出现偏差。比如，样本被其他个体的 DNA 污染，或者样本保存时间过长、保存条件不达标，都可能使检测到的基因数据无法真实反映被鉴定人之间的关系。此外，对于一些特殊情况，如基因突变、嵌合体(体内存在两种或两种以上不同基因型细胞的个体)等，也可能干扰亲子鉴定结果的判断，需要专业人员结合多种检测方法和详细的遗传分析才能得出准确结论。
再者，亲子鉴定的结果只能提供概率性的判断。即使亲权指数达到很高的数值，支持存在亲子关系，也不能说绝对是亲生关系;而排除亲子关系的结论，也不能完全排除极低概率的特殊情况影响。所以，在面对亲子鉴定结果时，人们应避免盲目下结论，若对结果存在疑虑，可选择不同的鉴定机构进行复核，或者进一步咨询遗传学专家，以获得更全面、准确的解读。
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